财务管理信息系统建立了项目管理信息系统与单位财务管理系统之间的数据交换接口，实现了指定项目预算科目与财务核算科目之间的对应关系。通过系统赋予的预算管理权限以及既定的经费开支范围，可以从源头上控制项目费用支出的合理性，有效避免项目实施过程中经费使用超支或未支比例过大的情况，实现更为精确的预算管理和考核，对于提高项目单位的项目经费管理水平和财政资金的整体使用效益，具有重要的作用。
系统增加了经费支出信息核对、实时自动统计与分析和预算执行情况预警等功能，系统允许课题负责人和相关管理人员对课题经费的明细支出信息进行核对和反馈，自动对课题预算执行情况进行的实时监控、差异分析，自动根据课题经费支出情况进行预警，从而减轻了管理人员和财务人员的工作量，减少工作失误。
